Родился 31 мая 1950 года в городе Караганда Казахской ССР. В 1973 году окончил Сибирский автомобильно-дорожный институт по специальности «инженер-строитель мостов».
С 1973 года — мастер, инженер, старший инженер мостопоезда в Сургуте.
В 1977 году — инструктор, заведующий отделом строительства Ханты-Мансийского окружного комитета КПСС.
С 1982 года назначен — первым заместителем председателя исполкома Ханты-Мансийского окружного Совета. С 1983 года — первый секретарь Березовского райкома КПСС. В 1988 году — второй секретарь Ханты-Мансийского окружного комитета КПСС, с 1989-го — председатель исполкома Ханты-Мансийского окружного Совета.
В 1990 году избирался депутатом Тюменского областного Совета.
С 1991 года — глава администрации Ханты-Мансийского автономного округа.
В 1993 году избран депутатом Совета Федерации Федерального Собрания РФ.
В 1995 году был назначен, а в 1996 году избран губернатором Ханты-Мансийского автономного округа.
26 марта 2000 года вновь победил на губернаторских выборах, набрав почти 90,8% голосов избирателей, принявших участие в голосовании.
С 1996 года занимал должность члена Совета Федерации Федерального Собрания РФ, был членом Комитета по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике, членом Комитета по делам Севера и малочисленных народов, членом Мандатной комиссии, членом Комиссии по регламенту и парламентским процедурам.
В 2001 году передал полномочия члена Совета Федерации представителю администрации округа.
24 февраля 2005 года в соответствии с новыми правилами избрания глав субъектов Федерации наделен полномочиями губернатора Ханты-Мансийского автономного округа на новый срок.
16 марта 2005 года Указом Президента России был утвержден членом Президиума Государственного совета Российской Федерации.
С марта 2010 года — аудитор Счетной палаты Российской Федерации. Деятельность Филипенко по разработке и совершенствованию окружного и российского законодательства, формированию государственной политики в области природопользования, развитию системы органов местного самоуправления, укреплению межрегионального сотрудничества, реализации эффективной социально-экономической политики во многом определяет лидирующие позиции Югры среди субъектов Российской Федерации, способствует созданию условий для достойной жизни людей.
Заслуженный строитель Российской Федерации, государственный деятель России, кандидат социологических наук.
Награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» II, IV степени, Почета, Дружбы народов и другими государственными и общественные наградами, почётными званиями.
С 1973 года — мастер, инженер, старший инженер мостопоезда в Сургуте.
В 1977 году — инструктор, заведующий отделом строительства Ханты-Мансийского окружного комитета КПСС.
С 1982 года назначен — первым заместителем председателя исполкома Ханты-Мансийского окружного Совета. С 1983 года — первый секретарь Березовского райкома КПСС. В 1988 году — второй секретарь Ханты-Мансийского окружного комитета КПСС, с 1989-го — председатель исполкома Ханты-Мансийского окружного Совета.
В 1990 году избирался депутатом Тюменского областного Совета.
С 1991 года — глава администрации Ханты-Мансийского автономного округа.
В 1993 году избран депутатом Совета Федерации Федерального Собрания РФ.
В 1995 году был назначен, а в 1996 году избран губернатором Ханты-Мансийского автономного округа.
26 марта 2000 года вновь победил на губернаторских выборах, набрав почти 90,8% голосов избирателей, принявших участие в голосовании.
С 1996 года занимал должность члена Совета Федерации Федерального Собрания РФ, был членом Комитета по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике, членом Комитета по делам Севера и малочисленных народов, членом Мандатной комиссии, членом Комиссии по регламенту и парламентским процедурам.
В 2001 году передал полномочия члена Совета Федерации представителю администрации округа.
24 февраля 2005 года в соответствии с новыми правилами избрания глав субъектов Федерации наделен полномочиями губернатора Ханты-Мансийского автономного округа на новый срок.
16 марта 2005 года Указом Президента России был утвержден членом Президиума Государственного совета Российской Федерации.
С марта 2010 года — аудитор Счетной палаты Российской Федерации. Деятельность Филипенко по разработке и совершенствованию окружного и российского законодательства, формированию государственной политики в области природопользования, развитию системы органов местного самоуправления, укреплению межрегионального сотрудничества, реализации эффективной социально-экономической политики во многом определяет лидирующие позиции Югры среди субъектов Российской Федерации, способствует созданию условий для достойной жизни людей.
Заслуженный строитель Российской Федерации, государственный деятель России, кандидат социологических наук.
Награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» II, IV степени, Почета, Дружбы народов и другими государственными и общественные наградами, почётными званиями.
